Gus Dur adalah putra pertama dari enam bersaudara. Dia dilahirkan di Denanyar, Jombang, Jawa Timur.
Walaupun Gus Dur selalu merayakan hari ulang tahunnya pada tanggal 4 Agustus, sebenarnya hari lahir Gus Dur bukanlah tanggal itu. Sebagaimana juga dengan banyak aspek dalam hidupnya dan pribadinya, banyak hal tidaklah seperti apa yang terlihat. Memang Gus Dur dilahirkan pada hari keempat bulan kedelapan. Namun perlu diketahui bahwa tanggal itu menurut penanggalan Islam, yaitu bahwa ia dilahirkan pada bulan Sya'ban, bulan kedelapan dalam penanggalan itu. Sebenarnya tanggal 4 Sya'ban 1940 adalah tanggal 7 September.
Ayahnya, K.H. Wahid Hasyim, mantan menteri Agama tahun 1949. Kakek dari ayahnya adalah K.H. Hasyim Asy'ari, pendiri jami'yah Nahdlatul Ulama (NU), sebuah organisasi massa Islam terbesar di Indonesia. Ibunya, Ny. Hj. Sholehah, adalah putri pendiri Pondok Pesantren Denanyar Jombang. Kakek dari ibunya adalah K.H. Bisri Syamsuri juga merupakan tokoh NU

SD di Jombang lalu pindah ke Jakarta
SMEP (Sekolah Menengah Ekonomi Pertama) Gowongan Yogyakarta
Sambil belajar di SMEP, Gus Dur juga mondok di pondok pesantren Krapyak Yogyakarta
Setamat SMEP, Gus Dur pindah mondok di pesantren Tegalrejo Magelang Jawa Tengah
Setelah 2 tahun di Tegalrejo, Gus Dur pindah ke Pesantren Tambak Beras Jombang
Pada usia 22 tahun, Gus Dur berangkat haji dan melanjutkan pendidikan di Universitas Al-Azhar Mesir.
Tahun 1966 Gus Dur pindah ke Universitas Bagdad Irak, masuk di Department of Religion, sampai tahun 1970

Pada 11 Agustus 2006, Gadis Arivia dan Gus Dur mendapatkan Tasrif Award-AJI sebagai Pejuang Kebebasan Pers 2006. Penghargaan ini diberikan oleh Aliansi Jurnalis Independen (AJI). Gus Dur dan Gadis dinilai memiliki semangat, visi, dan komitmen dalam memperjuangkan kebebasan berekpresi, persamaan hak, semangat keberagaman, dan demokrasi di Indonesia.
Gus Dur dan Gadis dipilih oleh dewan juri yang terdiri dari budayawan Butet Kertaradjasa, pemimpin redaksi The Jakarta Post Endy Bayuni, dan Ketua Komisi Nasional Perempuan Chandra Kirana. Mereka berhasil menyisihkan 23 kandidat lain.